El Programa de Doctorado en Musicología se desarrolla de manera coordinada entre las universidades de Valladolid, Complutense de Madrid y La Rioja. Su organización combina el seguimiento individualizado de cada doctorando, a través de la tutorización y dirección de la tesis, con una oferta de actividades formativas e investigadoras compartidas entre las tres sedes. La Comisión Académica supervisa el progreso del estudiantado, coordina el desarrollo del programa y garantiza la calidad de la formación doctoral, promoviendo al mismo tiempo la colaboración científica y la movilidad dentro del entorno interuniversitario.